クヌギやコナラなどの落葉広葉樹が優占する森です。伝統的な里山利用において、落葉広葉樹は重要な役割を果たしてきました。たとえば、クヌギを利用した炭焼き、薪、シイタケ栽培、どんぐりの利用や、キノコ、山菜（タラの芽、コシアブラ）、果実（アケビ、ヤマブドウ）、そして、落葉広葉樹の落ち葉を使った堆肥づくりなどです。「落葉広葉樹林の恵みを生かす森」では、これらの伝統的資源利用のあり方と人と自然の関係を現代のニーズに合った形で紡ぎ直す方法について主に研究します。

　針葉樹であるアカマツは森林の遷移の初期段階にあたります。この森では、アカマツ林を有効に活用しながら、生態系を管理して落葉広葉樹林へと遷移させていく技術を研究します。また、アカマツは、建築用材、高級家具用材を生産、肥え松を燃やした高級墨の生産、松脂のろうそくなど、古くから様々な利用がなされてきました。このようなアカマツの利用法について伝統的な利活用の手法について調べます。

　この森では、昆虫採集やバードウォッチングなどの生き物を楽しむレクリエーション、観光、果樹などの栽培などを通じて、森林のさまざまな楽しみ方について研究開発を行います。また、障害を持つ人のための自然体験の手法の開発を行い、自然と触れ合う機会を地域社会の子どもたち、若い世代、親子、学生に提供することで、森の自然を楽しむ考え方と方法を伝えます。

　ススキなどの草本類が優占する場所です。森林から草原へと植物の種類が変化することで生まれる移行帯が存在することで、森林環境はより複雑となり、生物多様性は豊かなになります。また、草原には森林生態系とは異なる独自の草原生態系が築かれます。AUN長野大学恵みの森の草原では、里山生態系における草原の役割について研究を行います。

　長野大学の立地する塩田平はため池の町です。ため池や水田、それらを結ぶ水路は、たくさんの生き物をはぐくみ、農作業や水遊び、魚とりを通じて、人々の生活と深く結びついてきました。水辺には特有の植物が生育し、たくさんの野生動物が訪れます。AUN長野大学恵みの森にひっそりとたたずむ池では、水辺の生物とふれあうことができる環境を再現し、伝統的な水資源の管理や漁法、川遊びなどを通じて豊かな水辺の価値を復活させるとともに、生物多様性を豊かな森林生態系を再生する手法について調べます。